Muayene sırasında bebeğin bütün organları ve sistemleri (solunum sistemi, kalp-damar sistemi gibi) ayrıntılı olarak muayene edilir. Doğumsal ya da sonradan kazanılan kalıcı ya da geçici anormallikler saptanarak, aileye bilgi verilir, tedavi yolları aranır.  

Baş büyüklüğü, fontanelin (bıngıldak) geç ya da erken kapanması, ayak ve ellerde doğumsal anormallikler, ciltteki lekeler, doğumsal kalp hastalıkları açısından önemli olan üfürümler, doğuştan kalça çıkığı, doğumsal katarakt, inmemiş testisler, çocukluk çağına özgü anormalliklere örnek olarak verilebilir.  

Yenidoğan bebeklerde gözyaşı kanallarından biri ya da ikisinde sıklıkla doğumsal tıkanıklar olabilmektedir. Bunun için ilk adım tedavisi masajdır. İleri vakalar muayene için oftalmologa gönderilir.  

Doğumsal katarakt açısından takip çocuk doktoru tarafından yapılmakta anormal bir durum saptandığında hasta, göz doktoruna gönderilmektedir. İlk üç ayda şaşılık fizyolojiktir. Şaşılık giderek artıyorsa ya da üç aydan sonra ısrar ediyorsa hasta göz hekimine gönderilir. Görme kusuru şüphesi varsa, ailede kalıtsal göz hastalığı öyküsü varsa beklemeden oftalmolojik muayene yaptırılır. Sağlam çocuk takiplerimizde her çocuğun 5. ayda oftalmolojik muayenesi önermekteyiz ve 4 yaş muayenesinde göz muayenesi yinelenmelidir.